4、明清以后，法门寺逐渐走向衰落，已无昔日繁荣景象，但从寺藏明碑可知当时仍有二十四院之宏伟建制。明万历年间灾荒连年，民间集资修建宝塔刻文，真实反映了当时工程之艰难。明隆庆三年，已有数百年历史的法门寺唐代四级木塔倒毁。有僧人为修复宝塔，以铁锁穿透肩筋四处化募，后有西蜀居士刻石以记其事。明神宗万历七年，当地百姓集资重建法门寺塔，历时30年建成八棱十三级砖塔。清代对法门寺时有修葺，但规模不大。
5、民国时期，法门寺更见凋敝。民国二十八年，在爱国志士朱子桥先生的主持下，完成了自晚明以来最大规模的维修。朱子桥，著名将军、大慈善家。民国二十八年来陕西赈灾，见法门寺寺宇残破，寺塔倾斜，遂以工代赈，维修寺塔。“文革”期间，寺院住持良卿法师为保护寺院而自焚。
6、1986年，经国家文化部批准，陕西省政府决定重建寺塔。次年2月底，开始清理塔基。地宫的发掘结束了法门寺一段古老的历史，一页新的历史从此开篇。历史记得这个伟大的时刻——公元1987年4月3日，考古工作者意外地发现了法门寺塔下唐代地宫，“从地涌出多宝龛，照古腾今无与并”，在沉寂了1113年之后，2000多件大唐国宝重器，簇拥着佛祖真身指骨舍利重回人间！
7、法门寺保持了塔前殿后的格局。现代的法门寺以真身宝塔为寺院中轴，塔前是山门、前殿，塔后是大雄宝殿，这是中国早期佛教寺院的典型格局。寺院的西院是法门寺博物馆，现有多功能接待厅、珍宝阁等建筑。
8、如果说秦始皇兵马俑坑的发现是“世界第八大奇迹”的话，那么，法门寺地宫可谓“世界第九大奇迹”！
9、1981年8月24日，宝塔半边倒塌。1986年政府决定重建，1987年2月底重修宝塔。适逢四月初八佛诞日，“从地涌出多宝龛，照古腾今无与并”，在沉寂了1113年之后，2499件大唐国宝重器，簇拥着佛祖真身指骨舍利重回人间！地宫内出土的稀世珍宝，不论在中国社会政治史、文化史、科技史、中外交流史、美术史等方面的研究上，都具有极其重要的价值。1988年，法门寺正式开放并举办了国际性的佛指舍利瞻礼法会。
10、地宫出土的佛指舍利（一个金骨和三个影骨），是世界上目前发现的有文献记载和碑文证实的释迦牟尼佛真身舍利，是佛教世界的最高圣物。
